
Naruto foi lançado na revista da Shueishia Weekly Shonen Jump em 1999. Os primeiros 238 capítulos são conhecidos como "Parte 1", e constituem a primeira parte da história de Naruto. Os capítulos 239 a 244 são uma série gaiden focalizando o histórico do personagem Hatake Kakashi. Todos os capítulos subsequentes pertencem a "Parte 2", que continua a história, se passando três anos depois. O mangá também lançou algumas histórias extras, se focando no personagem Rock Lee.
A adaptação para inglês do mangá Naruto é licenciado pela Viz e publicado na versão da Viz da revista Shonen Jump. Para compensar a diferença de lançamento entre as versões em japonês e inglês, a Viz anunciou a campanha "Naruto Nation", onde seriam lançados três volumes por mês nos últimos quatro meses de 2007.

Até maio de 2008, 42 tankobon foram lançados pela Shueisha no Japão, sendo os primeiros 27 pertencendo a "Parte 1", e os outros quinze a "Parte 2". O primeiro tankōbon foi lançado em 3 de março de 2000 e o tankōbon 44 lançado em 4 de novembro de 2008. Além disso, quatro tankōbon, cada um contendo um animangá baseado em um dos quatro primeiros filmes de Naruto foram lançados pela Shueisha.